מנהרות הכותל הן מערכת של מנהרות תת קרקעיות שעוברות בצמוד להמשכו של הכותל המערבי לכיוון צפון עד הויה דולורוזה ומשחקות תפקיד מרכזי בניסיון לייהד את הנרטיב של האיזור.
ב 1967 החלו חפירות אינטנסיביות בכל רחבי העיר העתיקה וכן במנהרות הכותל והן הפכו למוקד של מתיחות בשל העובדה שהן עוברות בצמוד למתחם הר הבית\ ח'ראם א-שריף ומתחת לבתי הרובע המוסלמי. בשנת 1981 רב הכותל יהודה מאיר גץ פרץ פתח במנהרות הכותל לתוך חללים תת-קרקעיים בהר הבית במטרה לחפש את קודש הקודשים. בעקבות החפירה פרצו מהומות בין יהודים למוסלמים וראש הממשלה מנחם בגין הורה על חסימת הפתח. בשנת 2007 נחנך במקום בית כנסת על שמו של הרב גץ. חנוכת בית הכנסת עמדה בניגוד לדרישה הפלסטינית שבכל הסדר קבע תישמר לישראל אוטונומיה רק ברחבת הכותל המערבי ולא במנהרות הכותל.
אירועי מנהרות הכותל התרחשו ב 1996 לאחר שפתח יציאה מהמנהרות נפרץ בויה דולורוזה. ההחלטה נעשתה ללא תיאום עם הרשות הפלסטינית או הווקף ובעימותים בין ישראל והרשות הפלסטינית נהרגו 17 חיילים ישראלים ומאה פלסטינים.
במסגרת ניסיונה של המדינה לתת בלעדיות לנרטיב היהודי מוסתרת ההיסטוריה הרב שכבתית שלו. כך למשל בחאן הממלוכי מתקיימת תערוכה וירטואלית שנועדה ללמד על הקשר של העם היהודי לירושלים מבלי להזכיר אפילו כי התערוכה מתקיימת בתוך מבנה מן התקופה הממלוכית.
החפירות הארכיאולוגיות במנהרות הכותל נמשכות ועל פי התכניות יתחבר הרחוב המדורג למנהרות הכותל ויחד ייצרו רצף תת קרקעי מבריכת השילוח דרך מתחם קדם ומרכז דוידסון עד לעיר העתיקה והרובע המוסלמי.