הגן הלאומי מנוהל ע"י רשות הטבע והגנים ומתופעל על ידי עמותת אלע"ד. זהו הגן הלאומי היחיד אותו מפעילה עמותה פרטית ופוליטית ולא רשות הטבע והגנים. מספר בתים של תושבי סילואן הפלסטינים כלואים בשטח האתר 'עיר דוד' וכן בתי יהודים השייכים לעמותת המתנחלים.
האתר הארכיאולוגי 'עיר דוד' נחפר מאמצע המאה ה 19 ועד ימינו והוא משכנה של ירושלים הקדומה. ההתיישבות העירונית באתר החלה סביב מעיין הגיחון בתקופת הברונזה התיכונה, סביבות מאה 18 – 17 לפנה"ס וממשיכה עד ימינו.
השילוט ומדריכי האתר מציגים בעיקר שתי תקופות אשר מזוהות עם העם היהודי: ימי ממלכת יהודה וימי בית שני המאוחרים. ההתמקדות בתקופות אלה מספקת למבקר מידע מועט על תולדות ירושלים ועל שרידיה הארכיאולוגיים, ועל רצף ההתיישבות במקום על ידי תרבויות, דתות וקבוצות אתניות שונות. מנגד תיאור זה מדגיש את תקופתו של דוד המלך, זאת למרות שבין החוקרים קיימת מחלוקת עזה האם באתר נותרו שרידים מהעת ההיא, מה כמותם ומשמעותם.
לצד ההטייה לטובת נרטיב יהודי, משמשת הארכיאולוגיה ככלי ליצירת עובדות חדשות כגון הכשרת בנייה יהודית (מתחם קדם), שינוי ייעוד השטח משטח ציבורי לשטח תיירות (בריכת השילוח) ואף חיבור תת-קרקעי בין יעדי תיירות (הרחוב המדורג, מנהרה בין חניון גבעתי למרכז דוידסון ועוד).